Samlingen befandt sig i mange år i lokaler på det nye Jonstrup Seminarium i Lyngby. Da dette i 1989 blev fusioneret med Blaagaard og overflyttet hertil, blev seminariets historiske samlinger overdraget til Det danske Skolemuseum. De historiske samlinger rummer et interessant kildemateriale, der dels belyser læreruddannelsen i Danmark generelt, dels Jonstrup seminariums 200 år gamle historie.
Da forsvaret i 1995 opgav brugen af de gamle seminariebygninger i Jonstrup som officersskole, og ejendommen blev overdraget til Værløse kommune, blev Jonstrupsamlingen flyttet til det “gamle” Jonstrup, hvor Dansk Skolemuseum indrettede montrer og effekter i maj 2002. Siden Dansk Skolemuseums lukning i 2008 har lokale frivillige sikret fortsat adgang til samlingen i samarbejde med AU Library, Campus Emdrup (DPB)